1982年成立计算机系，2008年成立计算机科学与技术学院。1994年获得福建省首个计算机应用技术硕士学位授权，同年被确定为国务院侨办重点学科。计算机科学与技术学院现有“计算机科学与技术”、“软件工程”、“网络工程”、“数字媒体技术”、“信息安全”5个本科专业，计算机科学与技术与软件工程两个一级学科硕士点，以及一个模式识别与智能系统二级硕士点和一个计算机技术领域工程硕士点。计算机科学与技术与软件工程两个一级学科均被评为福建省重点学科。
在科研平台方面，计算机科学与技术学院目前拥有“计算机视觉与模式识别”厦门市重点实验室、“企业互操作与商务智能”厦门市工程技术研究中心、以及图像处理与模式识别部级重点实验室，同时还是福建省“绿色通信及其智能信息服务”工程技术研究中心建设单位。作为科技服务窗口，计算机科学与技术学院在厦门软件园建立了产学研基地、软件技术研发中心，以及厦门市嵌入式技术开放实验室。
在教学平台方面，计算机科学与技术学院拥有福建省计算机综合实验教学示范中心，福建省网络工程人才培养模式创新实验区；拥有三门省级精品课程，分别是《编译原理》、《面向对象程序设计》和《数据结构》；《软件工程》教学团队获福建省优秀教学团队称号；获得福建省教学成果二等奖一项。
计算机科学与技术学院现有教职工94名，其中专任教师77人；专任教师中，教授11名、副教授26名，37名教师具有博士学位，占教师总数的54.4%。实验人员中，高级实验师3名。在人才队伍建设方面，计算机科学与技术学院目前拥有闽江学者特聘教授1名、闽江学者讲座教授1名，数字媒体技术台湾特聘教授1名；青年教师中，杜吉祥博士入选“教育部新世纪优秀人才支持计划”，并获得福建省杰出青年基金、福建青年五四奖章、第十一届福建省青年科技奖； 王靖、缑锦、杜吉祥等3人入选“福建省高校杰出青年科研人才培育计划”，王靖入选“福建省新世纪优秀人才支持计划”。
2017年，计算机科学与技术学院招收本科生305名，研究生58名。现有全日制在校本科生与研究生1184人，其中港澳台侨学生及留学生82人，本科生1102人，研究生145人，另有工程硕士近100名。
在学术会议方面，2010年成功承办了图像分析与信号处理国际会议（IASP）和知识服务国际学术论坛；2012年，计算机科学与技术学院承办厦门市计算机学会2012年学术年会暨厦门市第二届高校科协年会信息分会。
在科学研究与科技研发上，本学科坚持面向地区重大需求和国际科技前沿，凝练科技目标，整合科研力量。近四年来，承担国家级科研项目24项，省部级科研项目36项，地厅级科研项目15项，横向科研项目30余项；发表学术论文400余篇，其中SCI、EI收录100余篇；获得专利12项，公开出版专著和教材11部。2012年，计算机科学与技术学院教师获得地厅级以上的项目18项，其中国家基金6项（面上项目1项，青年基金5项）、省科技创新平台项目1项，省基金6项（面上项目4项，青年基金2项）、地厅级项目5项，发表SCI/EI论文31篇、论著1部。
计算机科学与技术学院聘请优秀的教师担任班主任工作，指导学生进行扎实的基础理论学习；每年都有部分优秀的本科生进入教师科研实验室从事科学研究工作，为今后继续深造奠定基础；计算机科学与技术学院还建有本科生科研创新基地，鼓励学生积极参与挑战杯、世界大学生程序设计竞赛、数学建模大赛和微软、IBM、Intel等公司的大学生专业技能竞赛，广泛开展丰富多彩的课外科技创新活动。至今荣获各级各类奖项超过三十项。
计算机科学与技术学院学生工作紧紧围绕“与学生快乐成长”的理念，本着“稳定、创新、发展”的工作思路，以育人为中心，以安全稳定、学风建设、党建工作、素质拓展和就业导向为重点的学生工作格局展开，在不断推动学生工作制度化、规范化和科学化建设的同时，打造学风浓厚、思想教育得力、党团工作扎实、管理制度健全、学生综合素质稳步提高、师生满意率高的学生工作局面，取得了较好的成绩。计算机科学与技术学院曾先后获学生工作先进单位、学风建设工作单项奖、就业工作先进单位等荣誉称号。
计算机科学与技术学院以改革创新精神推进党支部建设。党建作为学生工作重要思想阵地，“以专业促党建，实现科学化教育管理”是党建工作的目标。计算机科学与技术学院以改革创新精神推进党支部建设。15年4月，聚焦专业背景，计算机科学与技术学院将2个教工支部拆分为5个，以大化小；学生支部由横向向纵向转化。两个维度的调整充分保证了各方面工作“传帮带”的落地。两年来，计算机科学与技术学院共17个支部项目获校级立项，其中，4项获优秀立项成果。数字媒体技术支部《点滴瞬间 提升党性修养》立项活动共有117名积极分子和党员、45个作品参与。作为全校“两学一做”三个立项作品，计算机科学与技术学院独占两项，分别是微电影《党员在身边》和微动漫《路》，微博点击率均在1万以上。
为了适应以计算机技术引领的信息技术迅猛发展所带来的人才需求，计算机科学与技术学院致力于培养基础理论扎实、知识面广、素质全面、实践动手能力强的高水平应用型人才，在专业建设、学生培养、教学内容、教学环境和实验室建设等方面实施了一系列改革措施。计算机科学与技术学院与国内外著名大学、研究机构开展了多层次的广泛合作，每年举办多场高水平学术交流活动，定期邀请海内外著名专家来校开设学术讲座，为广大学生不断开拓视野，提供了良好的学习环境。