福建医科大学公共卫生学院前身为福建医学院卫生系，始建于1959年，是我国早期开设预防医学本科专业的少数院系之一。公共卫生学院现有教职工81人，其中专任教师56人，教授、副教授30人，博、硕士生导师30余人，国务院特殊津贴专家2人，福建省高校教学名师2人，教师中博硕士比例占90%以上。公共卫生学院现设有预防医学系、流行病与卫生统计学系、营养与食品安全学系、卫生检验与检疫学系、卫生管理学系、卫生法学与卫生政策学系等6个学系和实验中心；设有公共卫生与全科医学人才培训中心及福建省食品安全风险研究中心、福建医科大学环境与健康研究所、卫生政策研究中心等3个省校级研究机构。
公共卫生学院现有预防医学二级学科博士学位授权点以及公共卫生与预防医学一级学科和社会医学与卫生事业管理二级学科硕士学位授权点，拥有公共卫生硕士（MPH）专业学位授权点。拥有“公共卫生与预防医学”、“公共管理”和“环境因素与肿瘤”、“环境与健康”等8个省级重点学科和重点实验室。公共卫生学院现设有预防医学、公共事业管理、食品质量与安全、卫生检验与检疫等4个全日制本科专业。在校生1500余人，其中博、硕士生120余人。
悠久的办学历史奠定了公共卫生学院高品质的教学质量和水平，公共卫生学院“预防医学专业”获2009年国家级特色专业建设点、2012年福建省专业综合改革试点专业；“公共卫生与预防医学实验教学中心”为2013年国家级实验教学示范中心；公共卫生学院院同时拥有预防医学省级人才培养模式创新实验区、公共卫生与预防医学省级实验教学示范中心，卫生毒理学、行政管理学等7门省级精品课程、流行病与卫生统计学等3个省级教学团队以及预防医学、公共管理2个省级大学生校外实践教育基地；有福建省卫计委、省出入境检验检疫局、省市疾控中心、卫生监督所以及学校各附属医院、教学医院等30余个校外专业和临床教学实习基地。
公共卫生学院科学研究成果喜人，曾先后获得全国科学大会奖、北京市科技进步一等奖、福建省科技成果二、三等奖30多项。近五年来，公共卫生学院先后承担国家、省自然科学基金等70多项科研课题，发表科研论文400多篇，其中SCI收录100余篇，出版专著70余部，获科研项目经费3000多万元。公共卫生学院广泛参与国际或校际学术交流，数十人次留学、出访欧、美、日等数十个国家和地区，并与日本长崎大学医学部、台湾嘉南药理大学等建立了协作关系，每年选派优秀青年教师、研究生和本科生交流学习。培养各类中高级预防医学与全科医学人才5000余人，为海峡西岸公共卫生事业的发展做出了重要贡献。