福建农林大学软件学院创建于1993年，其前身为福建林学院计算中心；1995年7月成立计算机科学系；2000年10月，原福建农业大学与原福建林学院合并为福建农林大学；2001年5月将原福建林学院计算机科学系、基础科学系高等数学教研室及原福建农业大学基础部高等数学教研室、计算机教研室等合并成立福建农林大学软件学院。
软件学院坚持“质量立院、科技兴院、人才强院、改革活院、文化建院”的办学理念，坚持内涵发展、特色发展，稳步提升办学质量。设有计算机科学与技术、统计学2个一级学科硕士点和计算机科学与技术、网络工程专业、电子信息工程、软件工程、数学与应用数学、统计学等6个本科专业，其中计算机科学与技术、网络工程专业按大类招生。
【教研平台】拥有“数字福建农林大数据研究所”、“智慧农林福建省高校重点实验室”、“福建省资源环境空间信息统计研究中心”3个省级科研平台以及“智慧农林和大数据研究中心”、“计算机应用研究所”等9个校级科研平台。
【师资力量】目前全院在校学术型硕士研究生76人，本科生2024人；教职工182人，其中专职教师159人，教授16人、副教授53人；近年来，先后引进国家级人才2名、福建高层次人才4名，引进985院校博士17名，有博士学位教师67人；“闽江学者”讲座教授7名、学校“金山学者”及省厅人才计划达14人次;软件学院教师主持国家自然基金22项；教育部人文社科基金4项，中国博士后基金5项，农业部国家重大农技推广试点项目1项、福建省自然科学基金等省部级科研项目50多项，科研项目经费累计2000多万元。
【国际合作交流】软件学院学术交流与国际化办学稳步推进，与加拿大戴尔豪西大学、美国奥特本大学、南非德班理工大学、英国亚伯大学、德国科布伦茨-兰道大学等国外高校建立合作办学关系，为师生合作研究交流、出国攻读学位提供了良好条件。计算机科学与技术、软件工程两个专业2015年起被列入国家留学生基金委优秀本科生国际交流资助项目。
【人才培养】软件学院注重培养学生创新创业能力，拥有1门国家精品在线开放课程，30多项国家级、省级大学生创新实验项目；软件学院坚持以文化人、实践育人，坚持以赛促学、以赛促教，在“互联网+”大学生创新创业大赛、全国大学生数学建模竞赛、ACM国际大学生程序设计竞赛、全国软件和信息技术专业人才大赛、全国大学生市场调查与分析大赛等赛事中获奖180多项。软件学院生源质量好，毕业生专业就业对口率高、就业质量好，已为社会培养输送了7000多名毕业生。