财经研究院的前身是财经研究所，成立于1978年11月，2005年更名为财经研究院。1978-2006年间，研究院的主要任务是科学研究，从2007年开始招收硕士研究生，逐渐转变为以科研、教学为主的机构。2007年，财经研究院建立了教育经济与管理硕士学位点，这是自建院以来的首个学位点，研究方向为教育财政和教育金融。根据学校学科发展整合的需要，2010年，该学位点归至政府管理财经研究院。2011年，财经研究院获得区域经济学硕士学位点和世界经济博士学位点，研究院学科建设进入了一个崭新的阶段。
北京财经研究基地前身是中央财经大学在财经研究所的基础上成立的首都财经研究中心。2004年9月24日，经北京市教委和北京市哲学社会科学规划办公室批准，首都财经研究中心以“北京财经研究基地”的名称正式获准成为北京市哲学社会科学研究基地，成为我校第一个省部级科研基地。
财经研究院作为以科研为主的机构，目前下设有10个二级研究机构，分别为：俄罗斯东欧中亚研究中心、台湾经济研究所、政府预算研究中心、环境经济研究所、教育经济研究所、理财研究中心、比较现代化研究中心、普惠金融研究中心、山区经济研究中心和国际投资研究中心。
财经研究院学科建设的总体方向是顺应北京财经研究基地的发展需要，以及区域经济学和国别研究的需要，对现有的多元学科体系进行整合，重点围绕以下学科进行凝炼：（1）财政管理，包括税收、预算、政府间财政体制、政府会计与财务报告、国库管理和财政支出绩效评价；（2）区域经济学，包括区位布局、区域经济增长、区域协调和区域发展政策，在此方向下整合科技金融、政府投融资、国别研究等相关学科；（3）资源环境与人口经济学，涵盖气候与能源等相关领域的研究；（4）公共管理，涵盖公共行政管理、教育财政管理等。
此外，在学科建设方面，财经研究院十分重视国际学术交流，与国外大学展开了积极的学术合作，取得了显著的成绩。我们与澳大利亚维多利亚大学、美国哈佛大学、英国剑桥大学等国外大学进行的学术交流与合作多达几十项（次），有力地推动了研究院在学科建设方面的国际化进程。
多年来，财经研究院涌现出了一批在学界享有盛誉的著名经济学家和专家学者，也培养出了一大批优秀人才，为国家，为我校的科研、教学事业做出了突出贡献。