安徽医科大学卫生管理学院的前身是1980年成立的安徽医学院农村卫生事业管理研究室，1984年创建卫生管理系，1988年更名为卫生管理学院，由卫生部与安徽省政府共同投资建设，成为我国第一所卫生管理学院，目前也是全国卫生管理教育办学规模最大的学院之一。1988年10月，时任卫生部长陈敏章教授为卫生管理学院建院题词：“立足华东，面向全国，为培养更多更好的卫生管理人才而努力”。1998年3月，原国务委员、全国人大常委会副委员长彭珮云同志为院庆十周年题词：“发展卫生管理教育，为建立我国职业化卫生管理队伍而努力”。
全院现有教职员工54人，其中专职教师44人，教授10人，副教授14人。教师中获博士学位10人，在读博士11人，具有硕士学位的教师占教师总数的88.24%，教师队伍的平均年龄为39岁。同时还有校外兼职教授9人。师资队伍结构合理、理论扎实、学识广博、教学科研成果丰富，主要学科研究方向的学科带头人均为国内知名中青年专家。
卫生管理学院现有公共事业管理（卫生事业管理）、劳动与社会保障（医疗保险）、信息管理与信息系统（医学信息）、医院管理、健康管理等5个本科专业。办学层次以本科教育和研究生教育为主，积极推进成人继续教育。1985年在全国率先招收卫生管理本科生，目前年招收本科生规模150余人。目前已毕业本科生1996人，专科生240人，在校本科生规模700余人。1983年招收社会医学与卫生事业管理专业硕士研究生，1990年获社会医学与卫生事业管理硕士授予权单位。已毕业获得硕士学位研究生203人，其中有同等学历申请硕士学位的62人。成人教育共培养各类卫生管理专业成人教育学生3万余人。卫生管理学院建立了以国家卫生部、安徽省卫生厅、上海普陀区卫生局、南京明基医院、铜陵市社保局、中国人寿、平安人寿、太平洋人寿、用友、杭州创业、上海联众等为主的数十家专业教学实习基地。
卫生管理学院设有卫生管理、医疗保险、卫生信息三个教学系，党政办公室、科教办等行政职能科室以及图书情报资料中心。中华预防医学会卫生事业管理分会及初级卫生保健分会、中国农村卫生事业管理杂志社、健康管理师国家职业技能培训站等均挂靠在卫生管理学院。卫生管理学院拥有卫生事业管理研究所、卫生政策研究中心、艾滋病研究中心、卫生服务与健康管理适宜技术研究中心等科研机构，建有卫生管理综合技能实验室、卫生服务管理应用技术研发平台、社会医学与卫生管理学重点学科实验室。同时，卫生管理学院成立了中德卫生管理合作中心、中日合作初级卫生保健管理培训中心、中美艾十字项目中心。
2003年，卫生管理专业成为安徽省首批高校省级教学改革示范专业；2008年，社会医学与卫生事业管理成为安徽省级重点学科，并被认定为安徽省特色学科之一；2009年，“卫生事业管理专业应用型人才培养模式创新实验区”成为安徽省级重点教学质量工程项目。2010年，公共事业管理（卫生事业管理）被评为国家高等学校特色专业建设点。同时，《卫生管理学教程》、《卫生管理运筹学》为安徽省级精品课程。
卫生管理学院围绕我国卫生改革与发展的热点和重点，坚持以农村为特色的多方向卫生管理科学研究。目前，已形成四个学科特色方向：卫生政策与卫生服务管理、卫生经济政策与管理、社区卫生服务与疾病防制管理、卫生信息技术与管理。重点研究领域集中在农村合作医疗、社区卫生服务、艾滋病性病防治、疾病防制与管理。近几年来，卫生管理学院先后承担和完成的国家自然基金项目10项，国际合作项目7项，省部级项目22项，获资助的经费达2000余万元；在国家级学术刊物上发表学术论文245篇，其中SCI收录论文15篇；主编、协编教材35部，31人次担任卫生部预防医学规划教材及卫生管理专业规划教材的主编、副主编和编委；120人次参加各种国际学术会议及科研考察；6项科研成果获得中华医学科技奖卫生管理奖、省社会科学文学艺术奖、省级教学成果奖等省部级及以上奖励。
卫生管理学院不断增强学术交流的主动性，学科综合实力大幅提升，学术地位和影响力日益增强，先后承办了中国特色卫生事业改革与发展研讨会、第七届中国医药卫生管理学院（系）院长（主任）论坛、基层医药卫生体制综合改革学术研讨会、慢性病预防与控制国际学术研讨会、中华预防医学会卫生事业管理分会、初级卫生保健分会换届会议暨学术研讨会、疾病健康风险评估与控制学术研讨会等大型学术会议，在推动医药卫生体制改革的稳步发展、加强全国卫生管理工作者的沟通与交流、促进卫生事业管理学科的发展等方面发挥了重要作用。
卫生管理学院在国际合作项目研究方面取得了突出的成绩，先后实施了中美合作以及国际艾滋病基金会资助的艾滋病相关行为干预项目、中英合作老年人抑郁症防治管理研究、中加国际合作农村居民卫生服务利用项目，还有中日合作初级卫生保健项目以及中德合作卫生管理教育项目等。这些国际合作项目的开展有力地推动了学科的建设和发展。卫生管理学院先后邀请加拿大阿尔伯塔大学、美国阿拉巴马大学、德国海德堡大学、英国伦敦学院等国外知名高校专家教授前来讲学和进行学术交流，同时组织多名教师分别到海德堡大学曼海姆医学院、澳大利亚塔斯马尼亚大学、英国伦敦大学、日本名古屋大学、加拿大阿尔伯塔大学、德国奥斯纳布吕克应用科学大学等进行培养学习和访问交流。先后有多名教师参加公共管理、卫生经济政策分析、卫生信息技术、慢性病防制等领域的国际学术会议。
卫生管理学院将本着“加强重点、突出特色、扩大优势、协调发展”的原则，以学科发展为基础，以科学研究和教育教学为两个重心，强调人才培养、科学研究和社会服务三大功能，进一步提高卫生管理学院学科特色和优势，以适应社会发展的人才需求和高等医学教育发展要求。在未来几年里，全院教职工决心继续发扬团结、进取、创新、发展的学院精神，坚持科学发展，为创建全国一流卫生管理学院而努力。